Проблема заключается в том, что вы создаете ярлыки, не разрушая их.Каждый раз, когда вы создаете новый ярлык и помещаете его поверх старого, чтобы на него все еще ссылались, и, следовательно, его нельзя было собирать мусором.
Вот немного пересмотренная версия, которая не пропускает ....
import Tkinter as tk
class Display:
def __init__(self, master):
self.label = None
self.master = master
self.tick()
def tick(self):
if self.label:
self.label.destroy()
self.label = tk.Label(self.master, text = 'a')
self.label.place(x=0,y=0)
self.master.after(50, self.tick)
root = tk.Tk()
disp = Display(root)