Второй приведет к уведомлению о неопределенной переменной или неопределенном индексе.Поэтому единственный правильный способ сделать это - первый.
Если у вас отключены уведомления - тогда ваш второй код абсолютно такой же как:
<?php echo $an_array['array_key']; ?>
Кстати, пока вы используете Kohana3, вы можете использовать:
<?php echo Arr::get($an_array, 'array_key', 'default value'); ?>
Но только в том случае, если вы уверены, что переменная $an_array
определена