Счетчик вернет значение, и вы не можете считать, а затем вызвать mysql_num_rows.Это либо один из других.
Вы можете сделать
$isExist = mysql_query("Select count(id) from ...");
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}
Если в качестве альтернативы вы можете сделать запрос как:
$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}