Если вы используете flow-ref в flow1, то сделайте ваш flow2 в подпотоке. Затем удалите входящую в jms конечную точку из flow2
<sub-flow name="Flow2">
<component class="AnotherComponent"/>
<jms:outbound-endpoint queue="Q3"/>
</sub-flow>
И замените также flow3 на sub-flow, если вы хотите использовать flow-ref.
Другой вариант - заменить ваш поток-ref-вызов на <jms:outbound-endpoint queue="Q2"/>
и оставить ваш поток2 таким же, как в вашем примере.