Здесь описываются отношения между сущностями для python (я думаю, что это почти то же самое для Java): http://code.google.com/appengine/articles/modeling.html
Похоже, вам нужно отношение многие ко многим.Самый простой способ сделать это - создать список свойств db.key в вашей пользовательской модели.Вы можете быть уверены, что всякий раз, когда вы создаете новое соединение между друзьями, обновляются оба списка друзей.
В качестве альтернативы вы можете определить функцию, которая ищет в БД пользователей, у которых в списке друзей есть ключ определенного пользователя,используя запрос gql.Однако ИМХО это кажется несколько менее организованным, чем другой метод.