Вы пытались использовать проверку на стороне агента вместо стандартной?В противном случае TeamCity пытается «интеллектуально» обнаружить изменения и распределить их по узлам.Отказ может произойти всякий раз, когда в VCS происходит что-то, что TeamCity не понимает, как копировать, например, при использовании подпунктов.