Можно ли иметь три таблицы в базе данных и не одинаковое количество объектов в концептуальной модели?
Да; Рассмотрим:
[Person] - [PersonToName] - [Name]
Каждый человек может иметь одно или несколько имен, и каждое имя может принадлежать одному или нескольким лицам.
Entity Framework может позаботиться о таблице «многие ко многим» и выполнить:
Person.Names (свойство навигации)
Name.Persons (свойство навигации)
Кроме того, при использовании Наследования нет необходимости в базовой таблице / сущности, поэтому она сворачивается в производную таблицу / сущность.