Нет очевидной причины, по которой использование IE могло бы замедлить работу базы данных - или Joomla в этом отношении. Особенно тяжелые манипуляции с DOM на странице могут привести к остановке старых компьютеров с помощью IE - но это будет большинство страниц на сайте, а не только одна конкретная страница.
Как называется ваш скрипт - вы встроили его в модуль, компонент или плагин? Может ли это быть вызвано несколько раз? Это на самом деле вызывается javascript / ajax изнутри страницы?
Если вы включите режим отладки, вы увидите, сколько запросов к базе данных выполняется медленной страницей? Ваш код выполняется несколько раз случайно - возможно, в цикле.
Это один запрос, возвращающий 200 строк - или цикл с 200 итерациями, выполняющий один запрос на каждую итерацию?
Тестируете ли вы IE сразу после тестирования других браузеров. Может ли это быть проблемой регулирования запросов в БД из-за перегруженной базы данных?