Вы можете использовать OperationHandler
Он получает RequestMessage, в котором вы можете получить доступ к заголовкам:
public class HeaderAccessRequestHandler : HttpOperationHandler<HttpRequestMessage, HttpRequestMessage> {
public HeaderAccessRequestHandler() : base("request") {
}
public override HttpRequestMessage OnHandle(HttpRequestMessage request) {
request.Headers.Remove("Accept"); // remove value and
request.Headers.Add("Accept","text/html"); // set it new = update
return request;
}
}