Чтобы текст из PDF отображался в правильном порядке, мне пришлось установить для флага SortByPosition значение true ... (tika-app-1.19.jar)
BodyContentHandler handler = new BodyContentHandler();
Metadata metadata = new Metadata();
ParseContext context = new ParseContext();
PDFParser pdfParser = new PDFParser();
PDFParserConfig config = pdfParser.getPDFParserConfig();
config.setSortByPosition(true); // needed for text in correct order
pdfParser.setPDFParserConfig(config);
pdfParser.parse(is, handler, metadata, context);