Вы можете добавить префикс длины строки к началу строки перед тем, как зашифровать их оба, а затем, после расшифровки, использовать длину, чтобы определить, где заканчивается строка.
Или вы можете кодировать строку base64 перед ее шифрованием, а затем декодировать.
Или закодируйте его с помощью двоичного или XML-сериализатора перед шифрованием.
Все эти методы имеют то преимущество, что они позволяют вам восстановить именно ту строку, которая была сохранена. Любой метод, который принимает текущий вывод и догадывается, какое преобразование применить, не имеет этого свойства.