Если бы включить классы из jar-зависимостей, я бы пошел с созданием "Runnable JAR-файла". По сути, вы извлекаете из него классы и помещаете их в JAR. Это устраняет необходимость в сценарии упаковки.
Чтобы сделать это в Eclipse, выберите ваш проект, File
-> Export
-> Java
-> Runnable JAR file
; эта опция потребует, чтобы вы выполнили основной класс хотя бы один раз, чтобы знать, какой профиль запускать, когда вы фактически запускаете произведенный JAR.