Решил это, добавив следующее правило перед другим.
RewriteRule ^index.php$ - [L]
TerryE указал:
В контексте perdir механизм перезаписи проходит по файлам .htaccess.пока он не получит чистый проход.
Другими словами, mod_rewrite переписывал URL дважды, потому что результат первого перезаписи также соответствовал правилу.