Просто разбейте строку на слово, которое нужно посчитать.
String text = "the the water the the";
System.out.println(text.split("the", -1).length -1);
Также, если вы в настоящее время используете Apache Commons Lang, вы можете использовать функцию подсчета из StringUtils
String text = "the the water the the";
int count = StringUtils.countMatches(text, "the");
System.out.println("count is " + count);
Однако не просто добавьте это для этой единственной функции, которая немного излишня:)