Похоже, вы работаете в пределах ограничений, эти настройки применяются к WF4 так же, как и к WCF. Параметр maxConcurrentInstances устанавливает максимальное количество экземпляров рабочего процесса, которые могут находиться в памяти в данный момент времени.
<behaviors>
<serviceBehaviors>
<behavior name="WorkflowServiceBehavior">
<!-- Specify throttling behavior -->
<serviceThrottling maxConcurrentInstances="1000"/>
</behavior>
</serviceBehaviors>
</behaviors>
Кроме того, вы всегда должны использовать постоянство при размещении в IIS. Рано или поздно IIS собирается перезапустить AppDomain, и если WorkflowServicehost не сможет сохранить состояние экземпляров рабочего процесса на диск, они будут потеряны. Это также будет означать, что неиспользуемые экземпляры рабочего процесса могут быть удалены из памяти и не учитываются в параметре maxConcurrentInstances, который является ограничением в памяти.