Перед тем как начать затухание, просто проверьте значение JQuery.support.opacity
.
Если вы хотите сделать это прозрачно, напишите свой собственный плагин condidational fade, который выполняет проверку, а затем либо исчезает, либо всплывает, в зависимости от поддержки.
JQuery.support.opacity
должен возвращать false в IE.