Если я правильно понимаю, вы просто хотите удалить index.php, где бы он ни появлялся? В этом случае ваше решение слишком сложное. Вы, вероятно, хотите что-то вроде
RewriteRule ^(.*)index\.php/(.*)$ $1$2 [NS,NC,L,R=301]
Это должно быть единственным правилом, также нет необходимости в RewriteCond