Убедитесь, что модуль компиляции соответствующего класса не имеет директивы CLOVER: OFF, и убедитесь, что Clof обеспечивает инструментарий файла классов.
Пару лет назад у меня был небольшой опыт работы с Clover, и я помню проблему, из-за которой данные покрытия не записывались достаточно быстро. Рекомендация команды Atlassian заключалась в том, чтобы разбивать каждый тест на отдельную JVM, а не группировать их.
Это может быть просто ошибка в инструментах Кловера, например. По моему опыту, команда довольно отзывчива; возможно стоит проверить на их форумах.