Я сам столкнулся с этой проблемой сегодня, обновил до последней версии html5shiv (теперь она перенесена на Github здесь: https://github.com/aFarkas/html5shiv), переместила таблицу стилей выше ссылки на скрипт, все элементы имели отображение: набор блоков, но все еще не повезло в стилизации их ...
Я понял, что у меня нет разметки doctype в моей разметке - добавление:
<!DOCTYPE html>
решило проблему, все стили теперь применены правильно - полное решение:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<link href="/css/styles.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<script src="/js/html5shiv.min.js"></script>
</head>
<body>
<!-- html 5 markup -->
</body>
</html>