Поместите строки в список:
List<string> strings = new ArrayList<string>();
while ((text = reader.readLine()) != null) {
strings.add(text);
}
Сортировка строк:
Collections.sort(strings);
Делайте что-нибудь с отсортированными строками, как объединение в одну строку:
StringBuffer contents = new StringBuffer();
for (string s : strings) {
contents.append(text).append(System.getProperty("line.separator"));
}