Я не очень знаком с архитектурой плагинов WMP, но пока механизм основан на COM, тогда да, вы можете писать плагины C #. COM - это независимый от языка метод представления API. В C # и большинстве других языков .Net можно создавать компоненты COM и, следовательно, подключаться к архитектуре COM.
С этим связано несколько проблем. Вплоть до 2.0SP1 было возможно создать только одну версию CLR в одном процессе. Эффект архитектуры плагинов заключается в том, что первый плагин .Net устанавливает версию CLR для этого процесса. Так, например, если ваш плагин основан на 1.0, и он загружается первым без проблем. Но любым последующим плагинам, которые хотят работать в 2.0 CLR, не повезло.
Можете ли вы опубликовать несколько ссылок на образцы, о которых вы говорите?