Просто о долгом комментарии: я недавно расширил раздел диска, и я хорошо знаю, сколько времени может потребоваться для перемещения или создания большого количества файлов. Было бы гораздо быстрее запросить у ОС диапазон свободного места на диске, а затем создать новую запись в FAT для этого диапазона, не записывая ни единого бита контента (повторно используя ранее существующую информацию). Это будет соответствовать вашим целям (поскольку вам не важно содержимое файла) и будет таким же быстрым, как удаление файла.
Проблема в том, что этого может быть трудно достичь в Java. Я нашел библиотеку с открытым исходным кодом, названную fat32-lib , но, поскольку она не использует нативный код, я не думаю, что она здесь полезна. Для данной файловой системы и использования языка более низкого уровня (например, C), если у вас есть время и мотивация, я думаю, это было бы достижимо.