Почему вы хотите поместить * .Java файл в Jar? Еще одна вещь, которую Java не поддерживает jar в фундаменте jar.
Если вы хотите сделать это, предположим, что у вас есть файл Jar, в котором org.test.test1.Myclass.java.
это означает, что в jar-файле есть папка org, в которой будет папка test, а затем папка test1, папка test1 будет иметь ваш класс MyClass.java.
Просто установите путь к файлу Jar в вашей CLASSPATH, как,
set CLASSPATH =. / Lib / MyJAR.jar
Затем запустите его как,
javac -classpath% CLASSPATH% org.test.test1.Myclass.java
(Также обратите внимание на синтаксис и атрибуты javac.)
Я надеюсь, что это может дать вам некоторый намек на проблему, с которой вы столкнулись.