Вам не нужно перемещать вспомогательные инструменты за пределы каталога проекта.
Уже есть подпапки, которые должны включать в себя элементы, «запускаемые отдельно от веб-сайта» (например, папки / lib / tasks и / script). Совершенно нормально создать собственную подпапку / tools или / any-other-name-you-like внутри дерева каталогов вашего проекта.
И особенно фоновые процессы - вполне вероятно, что они будут тесно связаны с внутренними элементами проекта ... они, безусловно, являются частью проекта.