Вы можете установить разрешения для каждого каталога отдельно, так что вы можете оставить основной сайт открытым для всех (разрешить анонимный доступ), но затем ограничить подкаталог (отключить анонимный доступ и включить что-то еще, например, обычную аутентификацию- -Просто помните о последствиях безопасности, если вы используете обычную аутентификацию через HTTP вместо HTTPS). Выберите каталог и затем нажмите опцию Аутентификация, чтобы изменить эти настройки.
См. Также http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc733010%28WS.10%29.aspx для получения дополнительной информации о плюсах и минусах различных вариантов аутентификации и вещах, которые следует учитывать.