Существует два правила для Subversion (независимо от Eclipse, должны быть все время одинаковыми):
Если инструмент восстановит файл, и вам не нужно его менять:
==> не проверяйте его в вашем управлении версиями (может, это Subversion, Git, CVS, ...).
Если файл содержит детали, которые были изменены пользователем вручную
==> это нужно проверить в управлении версиями.
Если у вас есть второй случай (непонятный из вашего вопроса), вы должны попытаться изменить относительные пути, чтобы другие могли использовать ваш проект в том же месте.
Если вы не можете это изменить, придерживайтесь местоположения в файловой системе. Каждый разработчик должен использовать идентичные настройки.
Если вам необходимо поддерживать разные операционные системы, а файлы, сгенерированные с помощью инструментария, не соответствуют друг другу (позор производителей инструментов), вы должны хранить шаблоны для всех операционных систем в вашем управлении версиями и должны изначально (вручную) создавать копия, в зависимости от операционной системы, в которой вы работаете.
Если вам нужно изменить этот файл для каких-то целей, вам также следует изменить шаблоны и помнить, что все разработчики должны сделать новую копию после этого.
Извините, я не знаю Qt и никогда не разрабатывался в C-среде на разных платформах, поэтому мои советы довольно расплывчаты.