Реестр представляет собой глубоко ориентированную на Windows конструкцию, хотя я не проводил никаких исследований по этому вопросу, могу поспорить, что в Python нет «родного» способа резервного копирования реестра. Я думаю, что у вас уже есть свой ответ, и вы создаете процесс в Python, и его запуск в Reg Export - лучший способ выполнить то, что вы хотите.
Однако, если по какой-то причине вы не хотите запускать Reg.exe или вызывать какие-либо внешние процессы, я рекомендую вам написать и сохранить каждую запись реестра, прежде чем редактировать ее в файл .reg, например так:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Adobe\Adobe Acrobat]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Adobe\Adobe Acrobat\9.0]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Adobe\Adobe Acrobat\9.0\Installer]
"AppInit_DLLs"="acaptuser64.dll"
Этот подход гарантирует, что вы не полагаетесь на какие-либо внешние утилиты и является ближайшим к «родной» резервной копии реестра в Python.