Я сделал это с помощью Zend Server Community Edition - у него есть опция java bridge, которую я сейчас использую.
Однако ... У меня другое мнение о том, как добраться до пункта назначения быстрее и проще. Чтобы иметь возможность переключать базы данных или использовать несколько баз данных легко в php - используйте pdo, и вы сможете сделать его универсальным. Вы даже можете подключиться к MSSQL, если хотите - все это есть. С подготовленными PDO заявлениями (вашими запросами) вы также будете иметь аналогичную безопасность без создания дополнительного слоя базы данных.
Обратите внимание: если у вас уже есть код Java, уже записанный на сервер в качестве модели, однако, качайте!