Компиляция является относительно безопасной операцией. Кажется, что это будет проблемой, только если в компиляторе будет использоваться переполнение буфера. Выполнение полученного кода, безусловно, представляет собой угрозу безопасности. Если вы не будете осторожны с целью очистки входных данных, вы можете открыть довольно большую дыру в безопасности в серверном приложении.
Мне любопытно, почему вы выбираете такой подход. Простые математические уравнения имеют довольно строгую грамматику и очень легко разбираются. Я уверен, что есть несколько бесплатных библиотек, и если вы не пишете свои собственные, это не большое дело. Это, вероятно, будет намного быстрее, чем отправка компилятору для проверки синтаксиса математического выражения.