JGit поддерживает создание новых репозиториев: см. Запуск JGit CLI , одна из команд:
init Create an empty git repository
Однако, когда дело доходит до «назначить пользователей репо»", это больше не проблема git, а проблема авторизации системы.
Вам необходимо добавить дополнительный слой в настройку Git (используется ли он с JGit или любой другой библиотекой Git) вДля управления авторизацией.
Я бы порекомендовал Гитолит .
(и это не включает проблему аутентификации, которая не рассматривается в JGit или gitolite: см. все вопросы, которые могут возникнуть при рассмотрении ).