Лучший способ сделать это - создать новую цель. В Xcode просто зайдите в File -> New Target.
Это создаст отдельную цель с новым main и info.plist. Там вы можете указать идентификатор пакета приложения для вашей профессиональной версии. Затем в раскрывающемся списке целей (который вы используете, чтобы указать, на каком устройстве следует отлаживать) вы можете указать, какую цель вы хотите отлаживать, и в конечном итоге построить / отправить для нее.
Это создает четкое разделение ваших сборок Pro и Lite, в то же время имея возможность поделиться кодом, который вы уже создали. Для каждого из ваших файлов вам нужно указать, к каким (или обоим) целям они должны принадлежать.