Я безуспешно пытался воспроизвести ваши ошибки.Вы в 32-битной системе?У меня были проблемы с scipy / numpy и большими массивами, которые были переключены на 64-битные, и с тех пор у меня не было проблем.
Вот код, который я использовал, чтобы попытаться воспроизвести вашу ошибку (она не выдаст ничего полезного, нопо крайней мере, те же ошибки):
y,x=indices([2048,2048],dtype='float64')
z = randn(2048,2048)
yr = y + randn(2048,2048)
xr = x + randn(2048,2048)
zn = griddata(xr.ravel(),yr.ravel(),z.ravel(),x,y)
zl = griddata(xr.ravel(),yr.ravel(),z.ravel(),x,y,interp='linear')
Это работает на моей машине.
Если вы не можете запустить 64-битную версию Python (что может быть сложно в зависимости от того, какая ОСвы используете), не могли бы вы разбить свою сетку 2048x2048 на 4 сетки 1024x1024?