Вы правы, любые DBRefs с нетерпением извлекаются, но они не с нетерпением сохраняются (AFAIK). Если A имеет ссылку на B, когда вы сохраняете A, Spring Data / MongoDB не сохраняет B автоматически, вы должны.
// Incorrect, upon retrieval a.getB() == null
A a = new A();
a.setB(new B());
repositoryA.save(a);
// Correct (to the best of my knowledge)
B b = repositoryB.save(new B());
A a = new A();
a.setB(b);
repositoryA.save(a);