Вот два возможных варианта, которые могут работать для вас.
Вы можете использовать запрос, чтобы прочитать данные из исходной таблицы и отфильтровать записи, имеющие значение NULL, с помощью предложения WHERE. Вы также можете иметь этот запрос в хранимой процедуре и использовать хранимую процедуру в качестве источника данных.
Если источник в пакете служб SSIS читает из таблицы, вы можете использовать преобразование «Условное разбиение» для разделения записей NULL и не NULL и использовать только записи, отличные от NULL, далее по конвейеру.
Мне кажется, что первый вариант проще, потому что он дает вам больше контроля и его также легче поддерживать.