Вы можете просто переименовать каталог de WEB-INF внутри веб-приложения, которое вы не хотите автоматически запускать, на другое имя, например Disabled-WEB-INF
, перед запуском tomcat.
Позже, если хотитечтобы запустить это приложение во время работы tomcat, просто переименуйте каталог в WEB-INF.