Уровень изоляции транзакции - это свойство ресурса, который участвует в транзакции. Это не связано с тем, управляет ли пользователь транзакцией (Bean Managed Transactions, BMT) или с тем, что это делает контейнер (Container Managed Transactions, CMT).
Единственное, что делает EJB - запускает, распространяет и фиксирует или откатывает транзакции через JTA. Что именно представляет собой транзакция для каждого ресурса, зависит от этого ресурса.
См. Этот ответ для более подробного объяснения: Как настроить изоляцию транзакции в EJB?