РЕДАКТИРОВАТЬ: Ответ обновлен с использованием трюка Ника и умножения матриц.
Вы можете попробовать следующую функцию, оптимизированную с помощью трюка Ника и умножения матриц. Узкое место теперь заполняет стопку отдельными слоями, но я думаю, что сейчас все в порядке. Использование памяти немного меньше, но, учитывая ваши данные и природу R, я не знаю, можете ли вы откусить немного, не снижая при этом производительность.
> system.time(T1 <- FindBands(myraster,return.stack=T))
user system elapsed
6.32 2.17 8.48
> system.time(T2 <- FindBands(myraster,return.stack=F))
user system elapsed
1.58 0.02 1.59
> system.time(results <- lapply(values, find_zones))
Timing stopped at: 182.27 35.13 217.71
Функция возвращает либо rasterStack с различными комбинациями уровней, присутствующими на графике (это не все возможные комбинации уровней, поэтому у вас уже есть какой-то выигрыш), либо матрицу с номером уровня и именами уровней. Это позволяет вам сделать что-то вроде:
levelnames <- attr(T2,"levels")[T2]
, чтобы получить имена уровней для каждой точки ячейки. Как показано ниже, вы можете легко поместить эту матрицу в объект rasterLayer.
Функция:
FindBands <- function(x,return.stack=F){
dims <- dim(x)
Values <- getValues(x)
nn <- colnames(Values)
vec <- 2^((1:dims[3])-1)
#Get all combinations and the names
id <- unlist(
lapply(1:10,function(x) combn(1:10,x,simplify=F))
,recursive=F)
nameid <- sapply(id,function(i){
x <- sum(vec[i])
names(x) <- paste(i,collapse="-")
x
})
# Nicks approach
layers <- Values %*% vec
# Find out which levels we need
LayerLevels <- unique(sort(layers))
LayerNames <- c("No Layer",names(nameid[nameid %in% LayerLevels]))
if(return.stack){
myStack <- lapply(LayerLevels,function(i){
r <- raster(nr=dims[1],nc=dims[2])
r[] <- as.numeric(layers == i)
r
} )
myStack <- stack(myStack)
layerNames(myStack) <- LayerNames
return(myStack)
} else {
LayerNumber <- match(layers,LayerLevels)
LayerNumber <- matrix(LayerNumber,ncol=dims[2],byrow=T)
attr(LayerNumber,"levels") <- LayerNames
return(LayerNumber)
}
}
Подтверждение концепции, используя данные RobertH:
r <- raster(nr=10, nc=10)
r[]=0
r[c(20:60,90:93)] <- 1
s <- list(r)
r[]=0
r[c(40:70,93:98)] <- 1
s <- c(s, r)
r[]=0
r[50:95] <- 1
s <- (c(s, r))
aRaster <- stack(s)
> X <- FindBands(aRaster,return.stack=T)
> plot(X)
> X <- FindBands(aRaster,return.stack=F)
> X
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
[2,] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2
[3,] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
[4,] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4
[5,] 4 4 4 4 4 4 4 4 4 8
[6,] 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8
[7,] 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7
[8,] 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5
[9,] 5 5 5 5 5 5 5 5 5 6
[10,] 6 6 8 7 7 3 3 3 1 1
attr(,"levels")
[1] "No Layer" "1" "2" "3" "1-2" "1-3"
"2-3" "1-2-3"
> XX <- raster(ncol=10,nrow=10)
> XX[] <- X
> plot(XX)
