Я не знаю о возможностях Joomla
Но для обычного php-приложения я бы создал .htaccess в родительской папке.И перенаправил все вызовы в один файл (шаблон проектирования Front Controller)
Содержимое .htaccess будет
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [QSA,L]
</IfModule>
Вся строка запроса будет доступна в $ _GET ['url«]