Для Qt4 и более ранних версий попробуйте следующее:
nmake confclean
Затем вы можете переконфигурировать и перекомпилировать QT.
Как отмечено в комментариях, это больше не работает в QT5. Это связано с тем, что в проекте Qt теперь используются отдельные подмодули для разных частей.Если у вас есть локальный клон репозитория Qt git, вы можете попробовать вызвать его из основного каталога Qt:
git submodule foreach --recursive "git clean -dfx"
Как уже отмечалось здесь , могут возникнуть некоторые проблемы, если у вас естьскачанный исходный архив.Ссылка, которую я разместил, предлагает использовать теневую сборку, поэтому процесс создания чистой конфигурации так же прост, как и настройка для сборки в новом месте назначения теневой сборки.