Я не уверен, что это решение решит вашу конкретную проблему, но попробуйте отключить свойство «optimized» маркера:
var marker = new google.maps.Marker({
position: new google.maps.LatLng(lat, long),
icon: markerIcon,
optimized: false
});
Это исправило проблему для меня в IE, где наведен маркерпри определенных уровнях масштабирования произойдет эффект мерцания.