У меня такая же проблема, как и у вас.Я еще не решил, но уверен, что, как сказал @ Marc-André ранее, это связано с конфликтом версий библиотеки Hibernate.
На самом деле я работаю над приложением Spring MVC, которое интегрирует Hibernate.Точнее, я использую Spring 3.1.1 и Hibernate 4.1.2.
Поскольку мой проект основан на Maven, в зависимостях Maven я имею прямой взгляд на библиотеки, которые Maven автоматически загружал.В Eclipse все выглядит хорошо.Тем не менее, как только я создаю файл .war через Maven, он содержит Hibernate.3.2.5.ga.jar и hibernate-core-4.1.2.jar:
Я предполагаю, что библиотека Spring зависит от этой библиотеки Hibernate 3.Таким образом, решением было бы исключить его из конфигурации pom.xml.
Кстати: я думаю, что это одна из причин, почему некоторым разработчикам вообще не нравится Maven ...