Ну, я наконец понял, в чем проблема, и это заставляет меня чувствовать себя немного глупо. Но для любого, кто пытается построить этот проект и сталкивается с подобной проблемой, вот исправление.
Makefile для JD2XX dll содержит строку, которая гласит:
LIB = -L $ (FTDI) -lftd2xx
Это нужно изменить вместо:
LIB = -L $ (FTDI) / $ (ARCH) -lftd2xx