Мне удалось решить проблему, не останавливаясь на точках останова, установив пользовательский рабочий каталог для исполняемого файла.Перед этим изменением я смог успешно выполнить сборку с использованием системы внешнего scons из Xcode 4. Мой код будет запускаться при вызове из XCode, но точки останова будут игнорироваться.
Затем в XCode перейдите в Product -> Edit Scheme...Проверьте «используйте пользовательский рабочий каталог», и я установил его в тот же каталог, что и исполняемый файл.
Затем точки останова начали работать.