Почему бы просто не потратить время на резервное копирование всего каталога и воспользоваться преимуществами инкрементного резервного копирования, предоставляемого rsync и rdiff и его кузенами, вы не будете тратить место на диске, на которое они сохраняются, потому что они вечно без изменений.
Резервное копирование всего проще и значительно меньше риска ошибок. Попытка выборочного резервного копирования некоторых файлов, а не других, - это рецепт того, чтобы не создавать резервные копии того, что вам нужно, не осознавая этого, а затем обгорать, когда вы не можете восстановить критический файл.
В противном случае вам следует реорганизовать исходный каталог, чтобы в сценарии резервного копирования было меньше «решений».