Я думаю, что простой ответ: если вы не хотите управлять версиями документов вместе с кодом, переместите их из ветви: -)
Если вы все еще хотите, чтобы документы были рядомкод, который они описывают, но вы не хотите, чтобы их продвигали между ветвями, тогда вы можете попытаться скрыть папку (-и), содержащие документы в вашей рабочей области (папку в основной ветке), TFS будет игнорировать папку при выполнении слияния,
например,
$ / [TeamProject] / [DevBranch] / Docs --- (не маскируется, так что вы можете проверять и просматривать документы)
$ / [TeamProject] / [MainBranch] / Docs --- (скрытый, слияние в корне ветви игнорирует эту папку)