Библиотечные файлы могут храниться в подкаталогах в основной папке «библиотеки» или в вашей личной папке приложения / библиотеки. Чтобы загрузить файл, расположенный в подкаталоге, просто укажите путь относительно папки «библиотеки». Например, если у вас есть файл, расположенный по адресу:
libraries/flavors/chocolate.php
Вы загрузите его, используя:
$this->load->library('flavors/chocolate');
Вы можете вложить файл в любое количество подкаталогов, сколько хотите.
Объясняется на странице руководства класса загрузчика.
https://codeigniter.com/user_guide/libraries/loader.html