Можно ли определить gitignore-подобные фильтры на основе репозиториев?
Нет.
Единственный способ сделать это - поддерживать две ветви, тщательно фиксировать и / или подбирать вишни между двумя ветвями и выдвигать правильную ветку на правильный пульт. Однако я не думаю, что это работоспособное решение.
Когда вы нажимаете на удаленное устройство (например, heroku, github), вы синхронизируете базу данных объектов git и обновляете то, что фиксирует SHA, на который указывают различные ссылки (ветви). В этом слое нет концепции фильтрации отдельных файлов, только коммиты и ссылки.
Надеюсь, это поможет.
Cheers,
Пол