Некоторая путаница здесь.
Как только вы позвоните super, self.id будет иметь значение.
Однако я не понимаю смысла вашего filter звонка. Для начала вы, вероятно, имеете в виду get, а не filter, так как фильтр получает набор запросов, а не один экземпляр. Но даже в этом случае вызов бессмысленен: вы просто сохранили его, поэтому все, что вы получите от базы данных, будет точно таким же. Какой смысл?
Изменить после обновления вопроса ОК, спасибо за разъяснения. Однако метод модели save() не несет ответственности за действия с элементами M2M. Их необходимо сохранить отдельно, что является заданием формы или представления.