~/lib64/python/pyproj
не является частью вашего PYTHONPATH
. Есть два или три способа обойти это, в зависимости от ваших потребностей.
Во-первых, необходимо напрямую изменить путь в вашем модуле, что подходит, если вы собираетесь использовать его только из одного модуля. Как отмечено в комментариях, этот метод не делает раскрытие на символе «~».
import sys
sys.path.append('/home/username/lib64/python')
import pyproj
Второй способ - добавить ~/lib64/python/pyproj
к PYTHONPATH вашей системы любым способом, который предложит ваша система. Линия в .bash_profile
показана ниже.
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:~/lib64/python/pyproj
См. Документация Python для получения более подробной информации.