Это невозможно, если вы хотите, чтобы элементы div остались в своих текущих x, y, (и что наиболее важно) z - только «верхний» слой активен.
Дополнение после ОП редактировать:
Подумайте о макете CSS, как если бы вы физически работали с кусочками бумаги (это намного проще для визуализации, если вы дадите всем своим "слоям" другой цвет фона). Механизм рендеринга отсекает кусочек бумаги в измерениях, которые вы ему даете (или он работает) для каждого найденного элемента. Он делает это в том порядке, в каком встречается с ними, помещая каждый кусочек бумаги на страницу по ходу дела - последний элемент будет сверху.
Теперь вы сказали движку рендеринга поместить ваш третий div в положение, где он перекрывает второй. И теперь вы ожидаете, что сможете увидеть покрытый контент. Не будет работать с бумагой, не будет работать с HTML. То, что он прозрачный, не означает, что он не занимает места.
Так что вы должны что-то изменить.
Глядя на ваш CSS и разметку (которая, честно говоря, может быть исправлена, но я предполагаю, что есть другая разметка, которую вы нам не показываете, которая оправдывает это), есть несколько простых способов выиграть:
1). Установите z-index равным -1 на Layer3 - z-index - это то, как вы можете изменить порядок наложения по умолчанию (как встречалось). Это просто перемещает весь слой 3 ниже остальной части страницы, так что то, что было скрыто, становится видимым, а также наоборот, в зависимости от содержимого.
2). Изменить ширину со 100%, например 80% или более вероятно, если вы используете pos: abs установлено слева: 0px и справа: 199px; (Я предполагаю, что отступ слева в Layer2 - это предполагаемая ширина столбца?). Стоимость этого состоит в том, что ваш Layer3 больше не имеет ширину 100%
3). Google "CSS column layout" и найдите шаблон, который отражает то, что вам нужно, и адаптируйте его. Каждый CSS-макет, который можно сделать, уже выполнен миллион раз. Существуют стандартные методы, которые решают ваши проблемы. CSS сложно, если вы не накопили опыт, поэтому используйте опыт других. Не изобретай колеса.